单县中医医院创办于1983年底，1984年5月8日正式开诊。由原单县城关医院东关门诊部改建而成的单县中医院，面积469平方米。

建院之初，医院仅有职工41名。科室设置有内、外、妇、儿、放射、化验、中、西药房、换药室、收挂室10个科室。1984年接受山东中医学院、山东省莱阳中医药学校等院校本、专科毕业生多名，为医院业务发展奠定良好的人才基础。

1984年，设立中医疮疡外科，以“四妙勇安汤”为主的治疗脉管炎的独特疗法，成为全省著名特色专科，每天上午郭志尧先生门诊挂号不下100人。新疆、黑龙江等外地患者慕名前来求治，大众日报、山东省广播电台等媒体进行了报道。

1985年10月，山东省首届中医外科学习班在单县举办，历时三个月，来自全省10多个地、县32名中医院学员参加学习。编写了长达40多万字的《中医外科》讲义，对疮疡、红斑狼疮、皮肤病、瘿瘤、乳病、血管病等疑难痈疾分章别类进行讲解，把诊断治疗、内外验方融为一体，望闻问切，分条缕析，学员收获颇丰，为全省培养了一批中医外科人才。

1985年，创立中医骨伤专科，以“小夹板固定”、外敷“活血膏”治疗方法，开创了单县中医骨伤特色专科。之后，医院相继开设急症科、妇科、肝病专科、高血压专科、口腔科、特检科、检验科、麻醉科等临床医技科室。

1986年医院上下协力，致力于特色专科的创建，中医外科以郭志尧，中医内科以付永魁、张祥培 、张普信，中医骨伤以杨振威，中药以周玉照，中药炮制以赵斐田等为代表的全县知名中医药师，在单县及菏泽各县、区中医学科建设中率先形成中医特色专科，不断扩大医院的社会影响力。

1987年，在县城向阳路东堤外征地2公顷，为新院址，建平房40间作为病房。1990年2300平方米的门诊楼投入使用，医院相继建立了骨伤、外科(疮疡)、妇科、内科、针推、肛肠、皮肤、耳鼻喉、购置了大型X光机、新型B超机及化验设备。有病床50张，日均门诊300人次，有职工84人。

该院西邻古堤，堤边垂柳成荫，榕花映彩;南邻三台旧景，湖西革命烈士塔高耸入云，苍松翠柏掩映小桥流水;东邻商贸街区，云集四海商贾，荟萃天下精品;北邻花园小区，绿树红瓦，环境优雅，交通便利。医院充分利用地理、人文优势，大力实施管理强院、人才强院、科技强院三大战略，坚持“敬业务实，求精争先，团结奉献，博爱至诚”的医院精神，百折不挠，上下求索，致力于疾病防治、医学研究、医学教育和医院管理，凸显了医院特色，提升了综合实力。在为全市乃周围县区的医疗卫生事业的发展中，留下了一串串坚实有力的足迹。

1991年，医院被评为全市满意医院先进单位。从全县乡镇卫生院陆续调来一批中、西医、护理、药剂技术骨干。急症科、妇科、肝病专科、高血压专科、口腔科、特检科、检验科、麻醉科等临床医技科室技术力量得以充实，医院中医特色专科和综合实力得以提升。全院人员达到110人。

1996年，单县中医院被国家中医药管理局确定为国家二级甲等中医院，成为一所集医疗、预防、康复、教学、科研、急救于一体的二级中医医院。

2000年6月，经市、县卫生局批准加挂“单县骨科医院”牌子。单县中医院骨伤科先后被卫生部、国家中医药管理局、省卫生厅评为国家级、省级重点中医特色专科。

2005年元月，王守民任院长兼党总支书记。中医院步入快速发展时期，走上科技进步之路。依靠科技兴院，不断引进、开展新技术，研究新项目，创建特色专科，形成“院有专科优势，科有专病特长”的良好局面。医院总体医疗水平步入全市先进行列，形成一批在省内有影响的特色优势学科和专业。其中骨伤科、康复科先后被评为省级和国家级重点中医特色专科。骨伤、肢残矫形、关节镜手术、周围血管病治疗、肛肠病治疗、针灸推拿等科室或专业，在全市具有影响力。

2007年3月，单县中医院骨伤科先后被山东省中医药管理局、国家中医药管理局评为省级国家级重点中医特色专科。

2008年，在中央、省财政资助下，医院自筹部分资金，新建6000平方米病房楼。全院有工作人员240人，其中，医疗技术人员207人。设病床70张。

2009年，医院设：党、政办公室、医务科、护理部、感染管理科、财务科、统计科、审计科、门诊办公室、人事(计生)科、信息科、总务科、保卫科、药剂科、审计科、设备科等16个职能管理科室。临床科室设有：内科、外科、骨伤科、产科、妇科、耳鼻喉科、口腔科、乳腺科、皮肤科、肛肠科、针灸科、推拿科、康复科、急症科、检验科、特检科、手术室、麻醉科、中药房、西药房、制剂室、中西药库、供应室、注射室、新农合管理科、收款挂号室、住院处等31个临床医技科室。

2010年5月，医院投入50万元，在全县率先设立康复科，填补了单县无康复科的空白。

2010年，医院投入150万元改建了制剂室，购置了中药制丸机、中药提取浓缩机、东华煎药机、自动液体分装机、质检设备等;可生产浓缩丸、胶囊、散剂、酊剂、膏剂、颗粒剂等多种剂型。获得山东省食品药品监督管理局批准的文号8个，临床各科均有自己特色制剂，并开展药品代加工服务，使微创技术与中医药有机地结合起来，为临床各科发挥中医药特色优势奠定了坚实的基础。

2010年，医院被山东省卫生厅、人保厅评为“全省中医工作先进集体”。医院准确的把握和制定适合医院发展的导向，坚持走中医发展之路，依靠科技兴院，不断引进、开展新技术，研究新项目，创建中医特色专科。骨伤科相继被山东省中医药管理局、国家中医药管理局列为重点特色专科，填补了菏泽市国家级重点专科的空白。骨伤、肢残矫形、关节镜手术、周围血管病治疗、肛肠病治疗、针灸推拿等科室或专业，在全市或全县具有了一定影响。医院总体医疗水平步入全市先进行列，逐步形成一批在省内有影响的特色优势学科和专业。

2010年，全院实有人员242人，其中，医疗技术人员202人。医院设有12 个行政职能科室，16个临床科室，8 个辅检科室，病床200张。能及时为各类患者提供准确及时的服务。

2012年11月15日，肛肠科被市卫生局评为市级重点中医特色专科。

2012年12月26日，医院被菏泽市列为公立医院改革试点单位并启动。中医医院被评为国家级中医适宜技术培训基地。医院结合实际，讲求实效，积极推广应用中医药适宜技术，承担了全县中医适宜技术培训的重任。县研究制定了《单县基层中医药适宜技术推广实施方案》，确定了20种常见病的中医药适宜技术在全县推广，印发了适宜技术手册2000余份，遴选了400余名中医临床医生和乡村医生骨干参与推广工作。在县电视台举办专题中医养生大讲堂，不断完善中医药服务体系，积极构建中医药适宜技术推广应用网络。同时协助卫计局积极加强乡镇卫生院、村卫生室的中医药适宜技术培训，几年内，共开展中医药适宜技术培训10期，累计培训1000余人次。基层医务工作者大多能掌握5种以上防治疾病的中医药适宜技术。

2012年12月20日，经市卫生局批准，新增病床245张。业务科室在原来的基础上新增设了：120急救中心、中医综合治疗室、治未病中心、胃镜室、眼科、肾病科、透析科、普外科、消化内科、血库等临床医技科室。

医院先后被评为山东省中医工作先进集体、菏泽市卫生系统先进单位、单县先进基层党组织，单县卫生工作先进单位。

2014年，把二甲持续改进作为全院一项重要工作，通过持续改进活动，医院在中医特色、医院管理、专科建设、医疗质量、中医护理、药剂管理、服务意识等方面均上了一个新台阶，实现医院经济效益和社会效益稳步提高。5月9日，顺利通过山东省卫生厅、山东省中医药管理局二级甲等中医院复审，成为山东省第一批二级甲等中医医院。

2015年5月，医院受菏泽市骨伤专业学会委托，面向全省骨伤专业，成功举办了“菏泽市中医药学会骨伤与针刀专业委员会第四次学术会暨脊柱、关节微创新技术、新进展研讨会”，来自全省120余名骨科专家、教授参加了学术交流和研讨。同年，王守民被评为单县第一届“十大名医”。

2016年3月28日康复科被山东省中医药管理局评为省级重点中医特色专科。

2016年，中医院发展成为国家“二级甲等中医院”，“新型农村合作医疗定点医院”，“城镇医疗保险定点医院”，“单县医疗保险定点医院”，被国家中医药管理局定为“特色中医专科”建设单位，山东省“重点中医专科”建设单位，菏泽市“中医特色科”建设单位。拥有全市唯一的国家级特色中医专科1个，省级重点特色中医专科2个，为国家级中医药适宜技术培训和推广基地，是菏泽市唯一国家批准有资格自己生产中药制剂的单位，生产膏、丹、丸、散、胶囊等30余个品种。为菏泽市120急救站，单县中医药医疗、教学和科研培训基地，承担着全县及周边县市人民群众的中医药医疗、急救、保健和康复的任务。拥有大型医疗设备CT、C型臂、G型臂、四维彩超、脊椎设备、麻醉设备、胆道镜。设有12个行政职能科室，16个临床科室，6个辅检科室。

2016年，医院共引进血液透析、保胆取石、骨科康复、联合眼科项目等四个新项目。开展5大技术：关节镜下治疗膝、肘关节病变技术;椎体成形术治疗、胸腰椎压缩性骨折;腹腔镜下保胆取石术等离子针刀技术;全麻病人术中综合检测管理技术。

2016年，单县中医医院医疗养老康复保健综合体项目顺利通过国家、省、市发改委立项批复、开始投建。

2017年8月22日，根据省、市、县公立医院改革的文件要求，单县中医医院启动法人治理结构建设工作，成立第一届理事会。这是深化公立医院改革，建立公立医院法人治理结构，推动医院制度现代化建设的重要内容，也标志着深化医改迈开了最为关键的一步。随着法人治理结构的落地生根，管理体制机制发生重大变革，这是医院的改革发展具有里程碑意义，载入医院发展史册的大事。

2017年，医院顺利通过爱婴医院评审、血库验收、针推科市级中医重点专科验收。医院拥有全国重点专科1个，省级重点专科1个，市级重点专科2个。骨伤科在中医特色整骨的基础上，探索出融合中医手法闭合复位加微创手术治疗相结合治疗四肢创伤和骨关节病特色疗法。全年住院医药费用人均下降15.2%，门诊医药费人均下降20.3%。同年，王守民被评为“山东省名中医药专家”。

2018年，医院发展成为占地15亩，总建筑面积9608平方米，拥有病床160张，职工338人，专业技术人员286人(其中中高级专业技术人员226人)综合性中医医院。医院设有12个行政职能科室，16个临床科室，一个医疗中心，6个辅检科室。医院先后获得“全省中医工作先进集体”、“菏泽市药品不良反应监测先进集体”等荣誉称号。拥有山东省基层名中医药专家王守民、市名中医药专家张运等名医。

2018年，张运被评为单县第二届“十大名医”，陈新华、侯素娟被评为“菏泽市优秀中医药人才”。同年11月，王雪花代表菏泽市参加山东省中药传统技能大赛，荣获个人综合成绩特等奖及中药调剂第一名，被授予山东省”富民兴鲁劳动”奖章。

2019年4月，王雪花以山东省中医药传统技能大赛第一名的成绩，成为菏泽市唯一入选的全国中药特色技术传承人。

2019年12月王守民、陈新华、张运、朱文岳被菏泽市中医药管理局确定为菏泽市名中医药专家传承工作室建设项目名单。(王守民:中医外科，陈新华:中医外科、骨伤科，张运:中医内科、脾胃病科，朱文岳:中药鉴定、中药制剂、中药房)。

至2019年，单县中医院发展成为：国家“二级甲等中医院”，山东省“重点中医专科”建设单位，淮海经济协作区“明星医院”，菏泽市“重点骨伤专科”建设单位，单县医疗保险定点医院，单县优抚医疗定点医院，单县人寿保险公司定点医疗单位，单县个体工商协会会员定点医疗单位，单县“110”“122”创伤急救联动单位，菏泽市卫生学校临床教学、实习医院，是单县唯一国家批准有资格自己生产中成药制剂的单位。先后被评为单县卫生工作先进单位、菏泽市卫生系统先进单位。山东省中医工作先进集体。

2020年3月20日，医院被列入山东省卫生健康委员会2020 年齐鲁医派中医学术流派传承项目名单，“姜翰学术流派”传承工作室成立。

2020年10月，张祥培被评为菏泽市名老中医，陈新华、侯素娟被评为菏泽市名中医医院专家，林永青被评为菏泽市中青年名中医药专家。

2020年12月医院搬迁至新院区，新院区占地80亩，位于胜利路以北，平原以东，规划13号路以南，东邻水上明珠小区及湿地公园。总建筑面积12万平方米，总投资4.72亿元，设置住院床位800张，养老床位600张。

设四个中心，打造成五个基地。四个中心是:医疗中心、康复中心、中医保健中心和智慧康养中心。利用内外装修及周边园林绿化将成为:中医药文化示范基地，传统文化教育基地，中医药科普示范基地，中医药文化旅游基地，大健康研究开发基地。

1、医疗中心:设置16个标准住院病区，同时设有普通门诊、急救中心、手术室、ICU、血透室及各种辅助检查科室。

2、康复中心:设有省内一流的3200平方米的康复训练大厅，设有OT区、PT区、小儿康复区及专业的语言康复室、吞咽康复室、听力康复室、视力康复室及中医综合治疗康复室。

3、中医保健中心:设有中西医结合的健康体检中心和健康教育中心。利用中医针灸、推拿、刮痧、拔罐、药浴、足疗及各种艾灸、理疗手段,做到早预防、早治疗，充分体现中医未病先防的“治未病”的健康理念。开发中医药健康旅游产品，体验中药传统膏方、药膳、药酒、养生茶制作，传授中医养生保健方法、运动养生项目，辨识真伪劣珍稀中药材，参观中药制剂生产流程等。目前我院能加工颗粒、浓缩丸、膏药、胶囊、膏剂、水丸、散剂等多种剂型。骨伤科研制的活血膏、外科根据全国首批500名老中医师带徒指导老师郭志尧主任医师经验研制的治疗外科常见病的龙石膏、大黄膏、千锤膏等，疗效显著。

4、智慧康养中心：基本架构为“一个体系、二个平台、二个中心、N 个服务”。一个体系：智慧健康养老服务支撑体系;二个平台：智慧健康养老信息平台、老年应急救援服务平台;两个中心：智慧健康综合服务中心、智慧养老综合服务中心;“N 个服务”是指根据社区居民及老年人的需求提供各项创新性服务。(1)、智慧健康养老服务支撑体系构建“公益化为前提、社会化为基础、市场化为方向”的信息化、智能化的“虚拟敬老院”运营模式。在政府资金资助和政策支撑下，采用“有偿、低偿、无偿服务”相结合的方式，不断发展和丰富养老服务;并积极的探索结合社会养老资源的基础上的市场化、社会化的运营方式，在坚持保本微利的基础上，构建一种规模化、智能化、精细化的居家养老服务及组织管理模式，实现项目的可持续运营。(2)、智慧健康养老信息平台运用互联网、物联网、大数据等信息技术手段，建设社区智慧健康养老信息平台，对接整合各级健康养老服务资源信息，实现健康养老大数据的智能分析处理，提供便捷精准高效的健康养老服务。(3)、老年应急救援服务平台运用互联网、物联网和智能监测产品，以健康数据为基础，建设老年应急救援服务平台，以急救卡为载体，为老人提供健康管理、安全监测、应急救援、精准医疗急救等生命安全保障服务。(4)、运用互联网、物联网技术，配置便携式和自助式健康检测、监测设备，建立社区智慧健康管理服务中心，并以此为依托建立社区居委会健康服务站点，构建覆盖社区居委会和社区单位的健康管理网络。(5)、根据社区多样化的养老服务需求，整合社区既的有养老服务设施，通过配备信息化系统和智能化设备，建设多功能综合性的智慧养老服务中心。该中心具备居家养老、社区助老、机构照护、文化娱乐、辅具租赁、健康管理等服务功能。

新院区建设规划突出传统文化特色，内部装修及周边绿化，将以中医养生文化和中国传统文化为主题，打造单县中医药文化园景观区，力争成为单县城市区域性文化亮点。设置中医科普文化廊、中医药博物展台，中药百草园种植展示区，全部用中草药植物绿化，利用假山、石雕、亭台廊阁、人工湖等形式，挖掘代表性的文化典故，充分展现中医药深厚的文化底蕴，设有阴阳园、五行园、经络园、四诊园、养心园及太极广场，同时设置中医养生参观体验区。倡导“天人合一”的道家养生观和“善、孝”为核心的传统文化观，提升“健康单县，善行天下”的品牌形象。山东省科学院在院区内设立“山东省健康研究所”。